Separada en tres partes: Cherry Blossom, Cosmonaut y 5 Centimeters Per Second, todo comienza en algún lugar de los años 90. Takaki Tono está en la escuela primaria cuando conoce a Akari Shinohara, una alumna recién transferida. Por sus gustos similares, rápidamente se vuelven amigos, inseparables para cualquier cosa. Sin embargo, está amistad está por romperse.
Cerca del final de las clases, Akari se muda de ciudad debido al trabajo de sus padres, por lo que esta y Takaki terminan comunicándose mediante cartas. Mas esporádicamente con el pasar del tiempo, la comunicacion se vuelve cada vez más difícil. Con el miedo de nunca más verla nuevamente, ya que también deberá mudarse, Takaki resuelve visitar a Akari; entonces se embarca en un viaje en tren envuelto de sentimientos que cambiará su vida para siempre.
La obra cuenta con un libro que da continuacion a la trama y la adaptacion al manga, ilustrada por Seike Yukikouma.